(1)一方主张经营该企业的，对企业资产进行评估后，由取得企业一方给予另一方相应的补偿。
(2)双方均主张经营该企业的，在双方竞价基础上，由取得企业的一方给予另一方相应的补偿。
(3)双方均不愿意经营该企业的，按照《中华人民共和国个人独资企业法》等有关规定办理。
根据司法实践夫妻共同出资设立的企业，一般分二种情况：
其一，夫妻以各自所有的财产出资设立的企业。
其二，以夫妻共同财产出资设立的企业。
无论哪种情况，如果因夫妻双方都不愿意继续经营而涉及对企业财产的分割的，应按照有关企业清算的规定进行清算并偿还债务及其他应当支付的费用后，对剩余的财产在夫妻之间按约定或出资比例子或者平均进行分割，并办理企业注销手续。企业财产不足清偿债务和支付其他费用的，如果企业的责任形式是有限责任，除法律规定的事由外，夫妻任何一方都有不再承担责任，也无所谓企业的财产分割问题;如果企业的责任形式是无限责任，则应以夫妻共同财产支付上述债务和费用。
如果夫妻双方都想继续经营企业但又不愿意与另一方一起经营，应当尊重当事人的意思，由于双方当事人之间已经丧失了作为企业运营基础的当事人互信，双方共同经营已无实际必要，对企业进行清算也不太合适，应当根据企业的实际情况处理。比如，适合分立的，进行企业分立。不适合分立的，根据有利于当事人利益、有利于企业经营的原则，斟酌双方当事人的经营能力和对企业的实际贡献等因素判决企业由一方所有和经营，在对企业资产进行审计、评估后，按照企业净资产(总资产减去企业债务)的一半(在双方以各自所有的财产出资时则按照出资比例)补偿另一方，并办理相应的变更登记手续，或者由双方同意的其他人取代未取得企业所有权和经营权的一方的地位，并根据前面的原则予以补偿。
