公益性网站擅自免费转载文章是否不合法
不合法。根据《著作权法》规定，中国公民、法人或者其他组织的作品，不论是否发表，依照本法享有著作权。
而“作品”包括(一)文字作品；(二)口述作品；(三)音乐、戏剧、曲艺、舞蹈、杂技艺术作品；(四)美术、建筑作品；(五)摄影作品；(六)电影作品和以类似摄制电影的方法创作的作品；(七)工程设计图、产品设计图、地图、示意图等图形作品和模型作品；(八)计算机软件；(九)法律、行政法规规定的其他作品。可见，你所说的理论文章，属于《著作权法》保护的文字作品。而享有报酬是你最基本的权利。
至于有关网站以“公益性”为由免费转载文章，其实也是不合法的。即使这些网站没有通过转载文章收费盈利，在网上转载他人作品不仅要得到著作权人的许可，而且还应当支付相应的报酬。
所以，这些网站在没有你的许可下转载文章，是侵权的行为，不付报酬更没有法律依据。如果他们拒不付稿酬，你可以依据我国《民事诉讼法》的规定，在被告地、侵权行为地或结果地起诉这些网站。
《著作权法》第四十七条
有下列侵权行为的，应当根据情况，承担停止侵害、消除影响、赔礼道歉、赔偿损失等民事责任：
(一)未经著作权人许可，发表其作品的；
(二)未经合作作者许可，将与他人合作创作的作品当作自己单独创作的作品发表的；
(三)没有参加创作，为谋取个人名利，在他人作品上署名的；
(四)歪曲、篡改他人作品的；
(五)剽窃他人作品的；
(六)未经著作权人许可，以展览、摄制电影和以类似摄制电影的方法使用作品，或者以改编、翻译、注释等方式使用作品的，本法另有规定的除外；
(七)使用他人作品，应当支付报酬而未支付的；
(八)未经电影作品和以类似摄制电影的方法创作的作品、计算机软件、录音录像制品的著作权人或者与著作权有关的权利人许可，出租其作品或者录音录像制品的，本法另有规定的除外；
(九)未经出版者许可，使用其出版的图书、期刊的版式设计的；
(十)未经表演者许可，从现场直播或者公开传送其现场表演，或者录制其表演的；
(十一)其他侵犯著作权以及与著作权有关的权益的行为。
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