1、关系范围不同
关联方交易双方是关联关系，包括母公司和子公司的关系，以及同一集团下面的各子公司之间的关系，也包括其他关联关系，比如上市公司的董监高与上市公司的关系，以及上市公司的股东与上市公司的关系等。而内部交易仅仅包含母公司与子公司、子公司相互之间发生的交易，更多见于集团公司内部。
2、销售交易行为不同：
母公司与子公司发生的销售交易，肯定属于关联交易，但是否又属于内部交易，则要具体分析。购买子公司股票是增持行为，不属于关联交易，也不属于内部交易。
上市公司的关联交易是指上市公司或其控股子公司与上市公司关联人之间发生的转移资源和义务的事项。关联人包括关联法人和关联自然人，在《上市规则》中对关联法人和关联自然人的范围给予了明确定义。同时，规定了潜在关联人的条件，即因与上市公司的关联人签署协议或作出安排，在协议生效或安排生效后，或在未来l2个月内具有前述关联法人或关联自然人的规定情形之一的：以及过去l2个月内，曾经具有前述关联法人或关联自然人的规定情形之一的，都被视为潜在关联人。
从某种角度来看，内部交易是一种“有实无名”的交易，即确实存在这种经济活动，但未发生在机构单位之间。
由于SNA～1993的核算对象是交易，因而必须将内部交易做显性化处理，即虚拟。一般来说，虚拟就是对经济活动进行赋值。这一看法对于实物交易核算来说是有道理的，但从内部交易核算来看，这也许不够全面。
正如SNA～1993所指出的：“在过去，价值的估计有时称为虚拟，但是最好是把虚拟这个术语留给不仅要估计一个价值，而且要构想一个交易那样一种情况”。因此，虚拟一般分为两个步骤，即首先构想一个“交易”，尔后为流量赋值。
由此可知，内部交易核算的首要问题是创建两个“交易主体”，并将其虚拟为一般性的“交易”。尽管内部交易只涉及到一个机构单位，但该单位往往具有两种身份;
如生产者与消费者(自产自用)、生产者与投资者(自制设备)、所有者与使用者(固定资本消耗)等，这意味着可将单主体的内部交易转化为发生在双重身份之间的一般性“交易”，并在此基础上确认和记录流量。
随着我国的社会经济水平的不断发展，我国的交易的类型也是多样化的，中国证监会、交易所或上市公司根据实质重于形式的原则，可以认定其他与上市公司有特殊关系，可能造成上市公司对其利益倾斜的自然人和法人为关联人，从而应履行相应的关联交易决策和披露程序。
