除了本条明确规定不适用本法的行为外，在实践中还有一些容易同行政许可、行政审批相混淆，但不具有行政许可特征的行政行为。这些行政行为也不适用本法，主要有：
一是内部审批行政行为，亦即上级行政机关基于行政隶属关系对下级行政机关有关请示报告事项的审批。在行政管理中，下级行政机关经常就工作中的一些重要计划、规划、决策以及贯彻执行法律、法规和国家方针政策中的问题请示上级国家机关，由上级国家机关予以审查批准。这种审查批准，是一种内部行政法律关系，是行政机关内部上下级领导关系的一种体现，不同于作为外部行政法律关系的行政许可，因此这种审批不适用本法。当然，在上级对下级报批事项的审批中，有一些是下级行政机关受理的公民、法人或者其他组织的申请，按照管理权限，经本级行政机关审查提出意见后，报上级审批。这种审批属于行政许可决定程序中的一个环节，应当适用本法。
二是处置财产权利的审批，如行政机关以出资人的身份对国有企业资产处置等事项的审批。这种审批是因为资产所有权而产生的，行使的是所谓“老板权”。国家将国有资产处置的审批，由于交由行政机关去审批，发生了主体的竞合。这时的行政机关具有双重身份，既是行政管理机关，又是国有资产所有者的代表。它在对国有资产处置进行审批时，是作为所有者的代表在履行职责，因此不属于行政许可。这里如果不分清其中的法律关系，就容易混淆两种审批的性质。随着国有资产管理体制的深化，这种审批区别于行政许可的特点将越来越明显。就全国而言，国务院设立国有资产管理委员会，作为其特设机构，负责国有资产的管理。国有资产管理委员会不属于行政机关，对国有企业有关事项的审批，当然不属于行政许可。
三是行政机关确认财产权利及其他民事关系的登记。我国的登记种类很多，概括起来是两类：一类是确认登记，主要包括产权登记、抵押登记、结婚登记、收养登记、个人身份登记、特定事实登记等，不属于行政许可。这类登记属于事后程序，是保护和确认登记人的权利，而不是重新赋予其权利。在这类登记中，行政机关行使的不是行政管理权，而是以第三人的身份出现，起证实和确认作用。另一类是设立、开业登记。设立法人登记的实质是取得民事权利能力，取得行为能力。因此设立、开业登记
第三条行政许可的设定和实施，适用本法。
有关行政机关对其他机关或者对其直接管理的事业单位的人事、财务、外事等事项的审批，不适用本法。
