商标使用者的商标被恶意注册处理方法为：
(一)向商标评审委员会提出异议
发现自己的未注册商标被抢注后，对尚在异议期内的商标，所有人可以在公告之日起3个月内，向商评委提出异议。对已正式授权的商标，所有人可以在商标注册之日起五年内，请求商评委以该商标违反《商标法》第33条之规定而宣告其无效。但需满足以下条件：
1、证明未注册商标具有一定影响力
在中国境内实际使用并为一定范围的相关公众所知晓的商标，即应认定属于已经使用并有一定影响的商标。有证据证明该商标有一定的持续使用时间、区域、销售量或者广告宣传等的，可以认定其有一定影响。即当事人应举证说明未注册商标的使用已经达到了在一定范围的相关公众中具有知名度的程度。
法院在认定“一定范围的相关公众”和“具有知名度”时具有一定的灵活性，并且会综合考量各种因素，单独一份广告、一次商业活动和偶发的短暂使用均不足以达到“有一定影响”的程度。
2、证明未注册商标已经实际使用
在商业活动中，使用商标标识标明商品的来源，使相关公众能够区分提供商品的不同市场主体的方式，均为商标的使用方式。除一般使用方式外，在音像、电子媒体、网络等平面或立体媒介上使用商标标识，使相关公众对商标、商标所标示的商品及商品提供者有所认识的，都是商标的使用。
3、证明对方以不正当手段抢注
若抢注人知道或应当知道某具有一定影响的未注册商标已被他人在先使用但仍注册该商标，其行为可被认定为采用了不正当手段。因此，在启动针对抢注人行为的商标异议或撤销程序之前，当事人应积极收集可证明抢注人知晓未注册商标使用情况的证据，以此证明抢注人实施了以不正当手段抢先注册的行为。
需要注意，如果能证明是恶意抢注，则提出异议的时间不限制于5年。
(二)申请撤销该商标
根据《商标法》的规定，注册满三年没有使用的商标，可以以撤销三年未使用的理由提出申请撤销，若商标注册人在指定时限内提供不出使用证据，则予以撤销。
申请撤销商标需要满足一定的条件，即该国内商标注册满三年，并且在三年内没有使用该商标。
所以说，商标使用者的商标被恶意注册的处理方法首先从商标使用者在得知商标被他人恶意注册后，应当向商标评审委员会提出异议作为开始，直到商标使用者可以与恶意注册商标的当事人采取和解并签署和解协议作为结束。
