1重视前期调研论证
结合2006年北京市污水处理试点工程分析，污水处理设计规模与实际处理水量不匹配问题十分突出。主要表现在以下几个方面：(1)设计单位不了解农村实际用水需求和排水特点，工程设计时照搬城市居民用水规范，造成污水处理规模偏大;(2)基础数据掌握不准确。如密云县某些试点村对民俗旅游人口估计过高，造成处理规模偏大，只有500人的村庄建设一座500m3/d处理规模的污水站。与此相反，顺义区某些试点村没有考虑流动人口，结果造成污水处理规模偏小;(3)一些基层单位在建设污水处理设施时，盲目地贪大求全，结果造成“大马拉小车”现象。
2强化工艺选择
选择合适的污水处理工艺是污水处理工程成功运行的关键。不同的污水处理工艺，其出水水质、运行成本、维护成本、管护要求差别很大，如不同工艺吨水运行成本在0.2元～2.0元之间不等。对农村污水处理而言，污水处理工艺选择并不是越“高新”越好，也并不是出水水质标准越高越好，而应该和当地用水需求结合起来，“够用”就好。调查中发现，一些试点村选用的膜生物处理工艺，虽然出水水质标准很高，普遍可达到冲厕所等优质中水回用标准，但其吨水运行费用在一些试点村工程中高达6.0元/吨水，而通常农村的中水回用需求多是满足于灌溉或果园浇灌而已。
3电力增容问题比较突出
调查发现：在北京市密云、昌平、怀柔等地的一些试点村，工程完工后迟迟不能投入运行，主要原因是污水处理站的电力增容问题得不到电力部门有效解决。这其中除涉及到与电力部门的沟通协调外，电力增容而产生的电网改造费用没有很好的出处。
4运行管护资金短缺
农村污水处理设施建设与运营管理维护缺乏可靠的资金来源，这是阻碍农村水污染治理的一大难题。实践证明：工艺再简单，操作管理再方便的污水处理站，也需要动力消耗，需要一定的运行管理维护经费和定期大修资金。但目前农村的普遍现实是许多地方自来水都是免费的。
据调查：几乎所有的村民欢迎污水处理工程，90%以上的村民担心运行费用成为负担，希望由政府出资，他们只愿意承担0.1元～0.2元/吨水的运行费用。
5缺乏政策和标准支持
新农村建设中的水污染治理问题还缺乏科学可行的对应政策和标准，这些政策和标准的制定还需要从实践中不断摸索和尝试。这个反复循环的过程中，需要建立各个标准和政策在农村区域中的协调。从具体的实践来看，现有的很多建设问题都遇到了依据不足的情况。
