2、行使的有限性。由于制度本身的缺陷，司法权对行政权有效监控有些先天不足。一是排除司法权对抽象行政行为的审查。由于具体行政行为的作出总是需要一定的法律或行政规章依据，对具体行政行为审查必然涉及到对其依据进行审查。行政机关又往往以情况特殊为由，规避对其抽象行政行为的审查，行政法官在此种情形下往往会回避矛盾，使得可能引发大面积行政违法的抽象行政行为，不能得到有效的司法审查。二是审查原则限于机械的“合法性”审查，而排斥合乎法律目的、精神、原则的审查——即广义的“合法性”审查。
目前我国行政立法不够完善，行政机关仍然有着相当大的自由裁量权。在行政诉讼中，往往检视行政行为合不合乎法律条文。这种机械的“合法性”审查原则，会造成两种结果：一种是因为没有明确的法律条文，大量的行政行为无论正确与否均“无法可依”，法院无从对其进行审查，对引起的行政诉讼也只能裁定“不予受理”或“驳回起诉”。另一种是行政机关在其自由裁量范围内所作出的行政行为，确实对行政相对人的合法权益造成损害的，虽没有明确的法律条文可依，但明显不符合法律目的、原则和精神的，也只能限于机械的“合法性”审查，视为“合法”的行政行为得以维持，而对行政相对人的合法权益造成损害也只能听之任之、爱莫能助了。
3、难求的平衡性。司法权的运用，作为一种争端解决机制，具有“定纷止争”的功能，同时也是纷争中权利受到侵害的一方寻求司法救济和司法保护的一种重要途径，因此司法权还具有救济和保护的功能。如果说行政机构只是特定国家利益或利益的代表的话，那么法院要在各种社会利益(尤其是发生冲突的利益)之间保持相对的中立，并侧重从为受到非法侵害的权利提供救济方面，对上述利益进行协调。行政诉讼中司法权运用时所面对的，一方面是强大的行政机关，一方面是势单力薄的行政相对人。在裁决具体的行政纷争中，法院往往处于两难境地。行政诉讼中司法权的运行，既要维护公民的正当权益、推进依法行政，又要维护正常的行政秩序、保障行政机关的依法行政;既要有效地监督行政机关的行政行为，又要扎实地配合行政机关经济和社会管理的工作大局。如果司法权运用稍有不慎，就会引致人民群众的不满，也可能引起行政机关的不满。因而面对这种特殊的当事人就难以求得平衡性。特别在当前社会变革、社会矛盾凸显的情况下，行政机关面对许多新矛盾、新问题，司法机关也必然会遇到一系列行政诉讼难题，因而其运行的难度会愈益加大。
