著作权法对作品保护的原则是保护表达，不保护思想，这对计算机软件也同样适用。但是，在计算机程序的编码与计算机程序的功能之间，存在一个广阔的中间领域，于是，版权保护应到什么程度为止，就是一个值得探讨的问题。笔者认为，它可以称之为计算机软件版权保护的纵向深度问题，由于我国当下的法律、法规缺乏对此方面的明细规定，而具体的司法实践又要求对此问题不容忽视，笔者将结合在计算机软件版权保护走在世界各国前面的美国的司法制度来进行考察与检讨。具体来说，在这一领域引起的争议体现在以下几个方面。
一、程序的结构、顺序与组织(SSO)。
程序的结构、顺序与组织(英文简称SSO)指的是计算机程序编制过程中的详细逻辑设计，也就是构成程序的各部份、各层次之间的相互衔接、相互配合的关系设计。具体地说，程序的结构就是一个程序的各个组成部份，如指令、语句、程序、以及数据等;而所谓“顺序”指的是程序构成要素的安排次序，是对计算机先执行哪些结构，后执行哪些结构所作的顺序设计，也称为程序的处理“流程”;程序的组织则是指程序的结构之间、流程之间以及结构与流程之间相互关系的总体设计。
从美国的司法实践来看，有关计算机程序SSO的版权性的争论，是从1983年5月田纳西州联邦地方法院审理的SAS学院公司诉S&H计算机系统公司开始的。该案中，田纳西州联邦地方法院将S&H公司复制了SAS公司的“组织与结构”作为侵权的表现。这在计算机软件保护史上尚属第一次，但在这个案例中，并未将SSO纳入问题的中心加以解决，[i]
著名的**公司(Whelan)诉**罗公司(Jaslow)一案则完全是针对“结构、顺序与组织”之问题。在这个案例中，联邦第三巡回法庭判决计算机程序的SSO同样受版权保护，即使被告不像在别的文学作品侵权案中那样复制了作品的文字表现。法庭不同意计算机程序结构本身是一种思想的说法，认为“实用作品的目标或功能才应该是一种思想，而任何对此不必要的都应该看成是表达，并且，要实现一定的功能，可以有多种SSO。”所以法庭确认：“至少在计算机程序领域，‘结构、流程和组织’是版权法保护的对象。”[ii]
事情在Piains棉花合作社诉Goodpasture计算机服务公司一案中有了变化[iii]。对此案进行上诉审的联邦第五巡回法庭认为：被告程序的处理顺序和组织结构是根据棉花市场这一外部因素而决定的，在决定上述的处理顺序、组织结构时，这一外部因素即市场因素起了重要的作用。根据市场因素而确定的程序的处理顺序和组织结构属于计算机程序的思想概念，不受版权法保护。
