我们常见的内部承包合同往往只约定“工程亏损由项目经理自行承担，施工企业不垫资”，但没有明确“项目经理在建设单位实际拨付工程款到位后才能申请用款”。实践中，已经发生了这样的案例：在建设单位迟延支付工程款或拒不支付工程款的情况下，项目经理依据内部承包合同直接起诉施工企业，要求按施工企业与建设单位的合同结算口径扣除管理费后支付工程款，而不管施工企业是否已经从建设单位处收到了工程款，或者项目经理主张内部承包合同无效，要求按实结算支付工程款。这是典型的项目经理倒打公司官司，应对的措施是在内部承包合同中设计以下条款：
A、项目经理应代表施工企业按照“施工企业与建设单位签订的施工合同”约定的时间和要求向建设单位催收、结算(决算)工程款，并且不得代表施工单位放弃权利或损害施工企业的利益。在项目经理迟延履行与建设单位结算(决算)工程款的情况下，施工单位可以催告项目经理履行义务，在催告后30天内项目经理仍未履行的，施工单位可以另行派人对工程进行结算(决算)，并且该结算(决算)结果直接对项目经理具有约束力(即项目经理和施工企业之间的内部结算也按该造价口径)，项目经理不得因未经其签字而不予认可。从建设单位处收取的任何款项(包括但不限于工程款)应直接划入施工企业账户内，项目经理及项目部任何人不向建设单位私下收取任何钱物。
B、在建设单位的工程款到施工企业账上后，项目经理参照“施工企业与建设单位签订的施工合同”约定的付款条件，工程形象进度，工程人工、机械、材料的投入情况，并按实收工程款比例申请用款。每次项目经理向施工企业申请用款前，必须提供真实、足额的材料发票和人工工资单及前次工资发放公示材料(人工工资额不得超过总工程款的﹪)，施工企业向项目经理支付的款项金额最多至“建设单位付至施工企业账户内的实收工程款扣除施工企业管理费”后的﹪。若建设单位不能按约支付工程款(包括但不限于预付款、进度款、索赔款或结算款等)的，工程资金缺口由项目经理自行解决，也即在建设单位的工程款到位之前，项目经理不得以任何理由向施工企业要求支付工程款或其他款项(本条款的内容具有独立的法律效力，即使在本合同无效的情况下，本条款仍然有效)。
C、项目经理和施工企业之间的最终内部结算必须同时满足以下3个前提条件：
a、工程竣工验收完毕并交付，且已经符合施工合同和国家规范的要求;
b、建设单位与施工企业的工程竣工结算完毕;
c、建设单位应支付给施工企业的工程款已全部到位。
