(一)本罪与放火罪、决水罪、爆炸罪、投毒罪的界限
上述方法也可能被用来破坏生产经营，这时，行为不仅触犯了破坏生产经营罪，同时也触犯了上述危害公共安全罪，对这种同时触犯两种罪名的行为，一般应按照危害公共安全罪论处，不定破坏生产经营罪，因为这种行为危害的主要是公共安全，但是，如果实施上述行为危害的主要是生产经营，而不是公共安全时，则按破坏生产经营罪论处。
(二)本罪与破坏交通工具、破坏交通设备、破坏电力设备及易燃易爆设备罪的界限
破坏上述特定对象，往往会直接或者间接地使生产经营遭到破坏，对这种破坏行为定性，主要从犯罪对象和客体上分析，凡破坏生产过程中的上述工具、设备，危害的主要是生产经营的，定破坏生产经营罪，凡破坏的是用于公共生活的上述工具、设备。危害的主要是公共安全的，分别按破坏交通工具罪、破坏交通设备罪、破坏电力设备罪和破坏易燃易爆设备罪定性。
(三)本罪与重大责任事故罪的界限
区别这两种罪，关键要查明行为人主观罪过的内容，首先查明破坏行为是故意实施的，还是过失实施的，其次查明行为人有无泄愤报复等个人目的。过失实施破坏行为，给生产造成重大损失的，构成重大责任事故罪。而出于泄愤报复等个人目的故意实施破坏生产经营行为的，构成破坏生产经营罪。
(四)本罪与故意损坏财物罪的界限
两者在行为上有相似之处，因为行为人通过毁坏机器设备、残害耕畜破坏生产经营的同时，必然毁坏公私财物，尽管如此，两者仍有本质区别，应当注意区分：
(1)主观的目的不同。本罪采用毁坏机器设备、残害耕畜等手段，虽然会造成财物的毁坏，但这不是行为人的目的，行为人的目的是通过上述手段来毁坏生产经营，进而达到自己泄愤报复或者其他个人的不法目的。毁坏机器设备、残害耕畜等仅仅是实现其目的的手段;而后罪其目的就是将公私财物加以毁坏，使其部分甚或全部丧失价值或使用价值。
(2)所侵害的对象不同。本罪的对象是特定的财物，即与生活经营活动直接相关的已经投人使用的机器设备、服役期间的耕畜等。而正是通过这些直接关系到生产经营活动的财物的毁坏进而实现破坏生产经营的意图。倘若与生产经营无关，如在仓库中备用或闲置不用的财物，即使是机器设备，亦不能成为本罪对象，但可以构成故意破坏财物罪的对象，后者还包括生活资料。
(3)直接客体不同。本罪所侵害的是国有的、集体的以及个人的生产经营工常活动;而后者则是公私财物的所有权。
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