有权决定特别行政区设立的国家机关是全国人民代表大会。
全国人民代表大会是我国的最高国家权力机关。特别行政区是我国行政区划中特殊的组成部分，它的设立关系到国家主权、国家发展战略、国家治理体系等诸多重大问题。
从国家主权角度来看，特别行政区的设立是对我国领土完整、主权统一的重大安排。全国人大代表着全体中国人民的意志，由它作出设立特别行政区的决定体现了国家主权的至上性和人民主权原则。例如香港特别行政区和澳门特别行政区的设立，都是全国人大依据宪法和具体的历史情况、国际关系等多种因素慎重作出的决定。
在制度安排上，全国人大能够从宏观层面考虑特别行政区在国家整体发展中的定位。特别行政区保持高度的自治权，同时又与中央保持着必要的联系，这种特殊的制度设计正是由全国人大根据国家的长远利益规划的。全国人大在作出设立决定时，也同时制定相关的基本法，对特别行政区的政治、经济、社会等各方面制度进行规范，保障特别行政区的稳定、繁荣和发展，使特别行政区既保持自身的特色又能融入国家发展的大局之中。这充分显示了全国人大在特别行政区设立和治理方面的根本性的、不可替代的决策地位。
