胎儿亲子鉴定并不是一开始怀孕就可以做的，一般孕妇怀孕10周-13周，即可以由医生采集胎儿绒毛;16周-24周则可以采集羊水，技术成熟的妇产科医院在16周-30周都可以采集羊水。孕妇可以根据孕期选择抽取绒毛或者羊水，安全起见，一定要选择三甲妇产科医院进行手术。
绒毛取样
【原理】取的是羊膜囊之外的绒毛膜，来进行分析胎儿的染色体。这个检查可以比羊膜穿刺取羊水更早的进行，最早可以在孕妇怀孕8到10周进行。做取绒毛的鉴定，可以在孩子很小的时候知道孩子的生物学父亲是谁，好早做决定，这个时候对孕妇的伤害也很小。
【方法】抽取胎盘位置的绒毛，取20～40毫克的绒毛量。
【风险】导致胎儿流产率约2%。曾发现进行绒毛取样后胎儿四肢缺陷的病例，但至今未证实;是争议性较大的一项检查。羊膜穿刺后，胎儿流产的机率不会超过千分之三。除了有极低的流产率之外，在连续的超音波导引之下进行羊膜穿刺，不会伤到宝宝。
羊水取样
【采集方法】在孕妇怀孕十六周以后进行，在医院由专业的妇科医生在B超监视下取得羊水中的胎儿细胞。这段时间羊水比较充足，提取3-5毫升的羊水不会对孩子造成影响。
【采集时间】孕妇在怀孕16-24周之间羊水量是最充足的，这时胎盘能会积攒大约240-400毫升羊水，这时候是进行抽取羊水最为安全期。抽取少量(3-5毫升)的羊水，因此通过羊水采集胎儿DNA对胎儿的健康成长是不会造成不良影响的。
【取样程序】电话咨询预约→ 通过B超体检确定取样时间→预约公立三甲妇科医生 →采集父亲母亲样本→ 妇产科医生通过B超，抽取羊水→回到实验室对羊水样本进行化验鉴定。
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