合作合同纠纷一般表现为合伙协议纠纷，合伙协议是依法由全体合伙人协商一致，以书面形式订立的合伙企业的契约。若因合作合同引起的纠纷，首先应当审查该合同是否有效。若有效则进一步注意合伙人的出资是否符合法律规定以及关于合伙期限、入伙、退伙的约定等。
合伙合同纠纷是指由于合伙和合伙企业由多人参加，合伙人处于一种平等的地位，有时经营策略和主张不同，加之争盈避亏，易发生分岐。特别是有的合伙或合伙企业没有合伙协议或合伙协议太简单，许多重大事项没有约定或约定不明确，也易发生纠纷。无论是合伙的内部纠纷，还是合伙企业的内部纠纷，都可以称之为合伙协议纠纷。这个属于合伙合同纠纷。
合伙协议纠纷只是属于民事案件当中的一个案由，任何一个民事案件诉讼到法院，法院都要经过开庭审理，法官根据双方提交的证据，以及案件的具体情况来进行判决。像当事人所说的合伙协议纠纷，只是一个案由，法院都是根据证据和案件事实来判决的，无法根据一个按由来判决。如果根据一个案由判决，那么同一个案由的案件就会出现同一个结果，对当事人是有失公平和公正的。所以说，如果诉讼之前，最好组织好相应的证据。
需要注意的是，《合伙企业法》第32条规定，合伙企业的利润和亏损，由全体合伙人依照合伙协议约定的比例分配和分担。合伙协议未约定利润分配和亏损分担比例的，由各合伙人平均分配和分担。合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人或者由部分合伙人承担全部亏损。
综上所述，合伙人合同纠纷属于民事纠纷案件中的一种类别，在司法实践中对于合伙合同纠纷的案件中，主要的纠纷争议类别有合同效力纠纷，缺乏书面签字盖章的证据纠纷，国内合同以及涉外合同纠纷，合同存在有名或者无名的纠纷，以及合同在转让、变更、终止等过程中产生的纠纷等。
