合伙协议纠纷的赔偿一般是根据事先签订好的合同赔偿协议来赔偿，如果没有事先明确责任的，应该根据法律规定的民事纠纷的处理，依据案件的事实来划分责任。
1、掌握合伙的最本质特征。
个人合伙是指两个以上公民按照协议，各自提供资金、实物、技术等合伙经营、共同劳动。并要求合伙人对出资数额、盈余分配、债务承担、入伙、退伙、合伙终止等事项，订立书面协议。合伙的债务，由合伙人按照出资比例或者协议的约定，以各自的财产承担清偿责任。
2、合伙协议不允许约定一部分人只享受利益，不承担风险。
《合伙法》第三十三条规定，“合伙企业的利润和亏损，由全体合伙人依照合伙协议约定的比例分配和分担;合伙协议末约定利润分配和亏损分担比例的，由各合伙人平均分配和分担。合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人或者由部分合伙人承担全部亏损。”
3、合伙人退伙，必须经过全体合伙人同意，如果不经同意，因退伙给合伙人造成损失的要赔偿。
4、全体合伙人对合伙的外部债务承担连带责任。
也就是说合伙对外有债务时，以合伙财产承担，合伙财产不足以清偿债务时，全体合伙人以自己个人财产承担责任。
5、合伙投入合伙的财产和合伙积累的财产归全体合伙人共有，共同管理，共同经营。
6、合伙的经营活动由全体合伙人共同决定，合伙人有执行和监督的权利。
7、合伙人散伙时在清理完各种税款后，清理对外债务，仍有剩余时，退还各自投资，还有财产时分取利润。
依据法律规定，合伙合同纠纷法院注重审查各方是否存在合伙协议及协议约定的具体内容。不存在合伙协议或各方对协议成立、效力有较大争议的，则要注意审查双方在实际经营中是否存在利润分配方案、合伙事务管理方案及相应记录材料。
