虽然建筑物区分所有权制度和相邻关系两项制度有一些交集，但也还是有很大的区别。建筑物区分所有权和相邻关系的主要区别如下：
1、性质不同。建筑物区分所有权是一种特殊的所有权，由专有权、共有权以及成员权相结合而成，属于独立的一种物权。相邻关系，并不是一种独立的物权，其本质是相邻不动产所有权或者使用权的适当扩展或限制。
2、主体不同。建筑物区分所有权主体必须是所有权人，现实中取得专有部分的所有权即成为了建筑物区分所有权人。相邻关系的主体是相互毗邻的不动产的所有人或使用人，此处不限于是所有权人。
3、客体不同。建筑物区分所有权的客体指的是区分建筑物的专有部分和共有部分。相邻关系客体一般是指相邻各方行使不动产所有权行为，强调的是所有人或使用人可要求邻人提供方便，正当行使自己的所有权权益，同时又要为邻人利益方便，接受必要限制。
4、内容不同。建筑物区分所有权的内容包括对专有部分的权利义务，基于共有部分而形成的权利义务，以及依成员权而享有的权利和承担的义务。相邻关系内容包括：相邻一方有权要求相邻另一方提供必要的便利，相邻另一方应当在必要的限度内给予方便。可以说此为对不动产所有权的扩张;相应的，在他方要求己方提供必要便利时，己方得负担一定限度的容忍义务，也就是限制己方权利的行使。
5、建筑物区分所有权制度主要解决的是所有权的行使与保护问题，而相邻关系主要调整的是所有权的延伸和限制问题。
综上所述，由于建筑物区分所有权人对建筑物的共有部位享有共有权，某区分所有人对共有部位的不当使用而妨碍到其他区分所有权人的合法权益时，其他区分所有权人既可以基于对共有部位的共有权也可以基于相邻关系对不当使用共有部位的区分所有人提出排除妨碍的请求。相较而言，基于共有部位的共有权提出的请求权为物上请求权。
