《合同法》第五十八条规定：合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还;不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。对于施工合同而言，发包人因无效合同取得的财产是在建工程或者已经竣工的房屋，而土地使用权属于发包人，因此，发包人是无法返还在建工程或已经竣工的房屋的，发包人只能通过折价的方式补偿承包人。
从建设工程施工合同的实际履行情况看，当合同被确认无效后，有两种折价补偿方式：一是以工程定额为标准，通过鉴定确定建设工程价值，考虑到目前我国建筑市场的实际情况，有的发包人签订合同时往往把工程价款压得很低，如果合同被确认无效还按照该方案折价补偿，将会造成无效合同比有效合同的工程价款还高，这超出了当事人签订合同的预期。二是参照合同约定结算工程价款，这种折价补偿的方式不仅符合双方当事人在订立合同时的真实意思。最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。”第三条规定：“建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：(一)修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持;(二)修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。”
根据上述规定，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》将无效施工合同的结算方法分为两种情况。一种情况为质量合格的结算方法：参照合同约定进行结算。另一种情况为质量不合格的结算方法：修复后质量合格的，参照约定进行结算但承包人应承担修复费用;修复后质量仍不合格的，承包人无权请求支付工程价款。
