毋庸讳言，有限合伙企业的制度风险主要来源于以下两个方面：
其一，利用有限合伙企业非法集资的风险。为了防止这种情况的发生，《合伙企业法》采用了对有限合伙企业合伙人的人数作出限制的方式，规定“有限合伙企业由二个以上五十个以下合伙人设立;但是，法律另有规定的除外”。
其二，有限合伙企业扩大了债权人的风险。具体可以体现为三个方面：
第一，有限合伙人只对出资额承担责任，这就将有限合伙企业的责任在普通合伙人不能全部承担时，转嫁给了债权人。
第二，有限合伙人退伙后，因为仅仅承担取回财产份额内责任，而如果没有取回财产时，则有限合伙人责任免除，就只能由普通合伙人承担该责任。
第三，从某种意义上讲，出资人可以以“有限责任”为护身欺诈或者谋取非法利益，为了弥补这一法律漏洞，公司法修订后规定了人格否认制度，而在《合伙企业法》中还只有第七条笼统的规定。由此，合伙企业债权人的债权的担保主要倚重于普通合伙人的偿债能力，但出于一种保护目的，《合伙企业法》强制性地规定了“国有独资公司、国有企业、上市公司以及公益性的事业单位、社会团体不得成为普通合伙人”。这就意味着普通合伙人更多的是一些自然人，主要由他们来承担“无限连带责任”，在目前信用体系欠佳、登记公示制度亟待完善的市场环境下，债权人必须谨慎对待。
当然，立法者注意到了有限合伙的制度风险，规定了“有限合伙人不得以劳务出资”;“第三人有理由相信有限合伙人为普通合伙人并与其交易的”，即表见合伙发生后，“该有限合伙人对该笔交易承担与普通合伙人同样的责任”;“有限合伙人转变为普通合伙人的，对其作为有限合伙人期间有限合伙企业发生的债务承担无限连带责任”等。但有学者仍认为，《合伙企业法》中对有限合伙企业责任风险化解的功能还需进一步完善。
